讨论班

讨论班介绍

  • 面向生物信息和湿实验室同学，邀请了领域内相关实验室的报告人，介绍三维基因组学和单细胞基因组学的基本概念，实验和分析方法以及前沿进展。

2021年秋季-三维基因组学习讨论会

  • 内容简介：由李程研究组高年级同学，围绕三维基因组，介绍其相关实验原理， 数据分析和软件使用，生物应用，多组学整合（2021年9月23日-10月28日）。
  • 内容：
    1. 三维基因组实验原理，主讲人：贾璐萌
    2. 三维基因组数据分析，主讲人：崔泽嘉
    3. 三维基因组的应用，主讲人：徐子晗
    4. 三维基因组机制和多组学分析，主讲人：刘玉婷

2018年秋季讨论班内容

  • 主题：单细胞与染色质基因组学的分析以及前沿进展（2018年9月-12月，有视频录播）
  • 内容：
  1. 单细胞分析模块
    1. 单细胞分析的生物学问题：The biology of single-cell genomics, 9月17日，主讲人：王龙腾（北京大学 李程组）（没有回放视频）
    2. scRNA-seq data visualization and clustering, 10月8日，主讲人：陈文昌 邹子恒（清华大学 张学工组）（回放视频地址：https://www.bilibili.com/video/BV1TW41117Qi）
    3. 单细胞分析与细胞图谱绘制，10月15日，主讲人：石强（北京大学 李程组）（回放视频地址：https://www.bilibili.com/video/BV1qt411Z7g1）
    4. 单细胞分析与发育，10月29日，主讲人：李莉（北京大学 汤富酬组）（回放视频地址：https://www.bilibili.com/video/BV1ib411A7Za）
    5. 单细胞多组学，11月5日，主讲人：张倩（北京大学 李程组）（回放视频地址：https://www.bilibili.com/video/BV1Gb411A76g）
  2. 染色质分析模块
    1. 3D geonome and its disorganization in disease, 11月19日，主讲人：李瑞风（北京大学 李程组）（回放视频地址：https://www.bilibili.com/video/BV1Ct41117xK）
    2. ATAC-seq，分析流程与案例，11月26日，主讲人：孙林华（北京大学 邓兴旺 钱伟强组）（回放视频：https://www.bilibili.com/video/BV1Ct41197AF）
    3. Introduction to Hi-C experiment and data analysis，12月3日，主讲人：李梦帆（北京大学 李程组）(回放视频：https://www.bilibili.com/video/BV1ft411D7ht）
    4. 基于成像的染色质分析，12月10日，主讲人：候英萍（北京大学 孙育杰 李程组）（回放视频：https://www.bilibili.com/video/BV1Yt411q7ft）
    5. 染色质分析与多组学整合，12月17日，主讲人：刘玉婷（北京大学 李程组）（回放视频：https://www.bilibili.com/video/BV1Kt411v7md）
    6. 染色质分析中的新概念、新方法和新工具，12月24日，主讲人：贾璐萌（北京大学 李程组）（回放视频：https://www.bilibili.com/video/BV1et411r7UK）

2018年暑期讨论班内容

  • 主题：单细胞基因组学的实验与分析（2018.6-8月，没有视频录播）
  • 内容
  1. An introduction to bulk and single-cell RNA-seq，6月25日，主讲人:徐子晗（北京大学 李程组)
  2. The advances in scRNA-seq techniques，7月2日，主讲人：李莉（北京大学 汤富酬组）
  3. Pre-processing and variation of scRNA-seq data，7月9日，主讲人：石强（北京大学 李程组)，介绍了基本单细胞分析流程和常用工具，主要讲述了噪音的来源和校正方法。
  4. scRNA-seq data analysis: Imputation, Cluster, and differential expression，7月16日，主讲人：李子逸（北京大学 张泽民组），单细胞分析流程概述。
  5. scRNA-seq data analysis: single cell trajectory，7月23日，主讲人：张倩（北京大学 李程组），单细胞中的路径分析简介
  6. From single-cell RNA-seq to transcription network：7月30日，主讲人：李响（北京大学 谢晓亮组），主要讲述了WGCNA的应用。
  7. 定制单细胞扩增与泛组学测序，8月13日，主讲人：宋立阳（北京大学 谢晓亮组），单细胞扩增技术的比较

参考资源：