生信讨论班

讨论班介绍

  • 面向生物信息和湿实验室同学,邀请了领域内相关实验室的报告人,介绍三维基因组学和单细胞基因组学的基本概念,实验和分析方法以及前沿进展。

2021年秋季-三维基因组学习讨论会

  • 内容简介:由李程研究组高年级同学,围绕三维基因组,介绍其相关实验原理, 数据分析和软件使用,生物应用,多组学整合(2021年9月23日-10月28日)。
  • 内容:
    1. 三维基因组实验原理,主讲人:贾璐萌
    2. 三维基因组数据分析,主讲人:崔泽嘉
    3. 三维基因组的应用,主讲人:徐子晗
    4. 三维基因组机制和多组学分析,主讲人:刘玉婷

2018年秋季讨论班内容

  • 主题:单细胞与染色质基因组学的分析以及前沿进展(2018年9月-12月,有视频录播)
  • 内容:
  1. 单细胞分析模块
    1. 单细胞分析的生物学问题:The biology of single-cell genomics, 9月17日,主讲人:王龙腾(北京大学 李程组)(没有回放视频)
    2. scRNA-seq data visualization and clustering, 10月8日,主讲人:陈文昌 邹子恒(清华大学 张学工组)(回放视频地址:https://www.bilibili.com/video/BV1TW41117Qi
    3. 单细胞分析与细胞图谱绘制,10月15日,主讲人:石强(北京大学 李程组)(回放视频地址:https://www.bilibili.com/video/BV1qt411Z7g1
    4. 单细胞分析与发育,10月29日,主讲人:李莉(北京大学 汤富酬组)(回放视频地址:https://www.bilibili.com/video/BV1ib411A7Za
    5. 单细胞多组学,11月5日,主讲人:张倩(北京大学 李程组)(回放视频地址:https://www.bilibili.com/video/BV1Gb411A76g
  2. 染色质分析模块
    1. 3D geonome and its disorganization in disease, 11月19日,主讲人:李瑞风(北京大学 李程组)(回放视频地址:https://www.bilibili.com/video/BV1Ct41117xK
    2. ATAC-seq,分析流程与案例,11月26日,主讲人:孙林华(北京大学 邓兴旺 钱伟强组)(回放视频:https://www.bilibili.com/video/BV1Ct41197AF
    3. Introduction to Hi-C experiment and data analysis,12月3日,主讲人:李梦帆(北京大学 李程组)(回放视频:https://www.bilibili.com/video/BV1ft411D7ht
    4. 基于成像的染色质分析,12月10日,主讲人:候英萍(北京大学 孙育杰 李程组)(回放视频:https://www.bilibili.com/video/BV1Yt411q7ft
    5. 染色质分析与多组学整合,12月17日,主讲人:刘玉婷(北京大学 李程组)(回放视频:https://www.bilibili.com/video/BV1Kt411v7md
    6. 染色质分析中的新概念、新方法和新工具,12月24日,主讲人:贾璐萌(北京大学 李程组)(回放视频:https://www.bilibili.com/video/BV1et411r7UK

2018年暑期讨论班内容

  • 主题:单细胞基因组学的实验与分析(2018.6-8月,没有视频录播)
  • 内容
  1. An introduction to bulk and single-cell RNA-seq,6月25日,主讲人:徐子晗(北京大学 李程组)
  2. The advances in scRNA-seq techniques,7月2日,主讲人:李莉(北京大学 汤富酬组)
  3. Pre-processing and variation of scRNA-seq data,7月9日,主讲人:石强(北京大学 李程组),介绍了基本单细胞分析流程和常用工具,主要讲述了噪音的来源和校正方法。
  4. scRNA-seq data analysis: Imputation, Cluster, and differential expression,7月16日,主讲人:李子逸(北京大学 张泽民组),单细胞分析流程概述。
  5. scRNA-seq data analysis: single cell trajectory,7月23日,主讲人:张倩(北京大学 李程组),单细胞中的路径分析简介
  6. From single-cell RNA-seq to transcription network:7月30日,主讲人:李响(北京大学 谢晓亮组),主要讲述了WGCNA的应用。
  7. 定制单细胞扩增与泛组学测序,8月13日,主讲人:宋立阳(北京大学 谢晓亮组),单细胞扩增技术的比较

参考资源: